La chiesa dei Cappuccini o di San Francesco D'Assisi è sita in piazza San Francesco d'Assisi, nel Rione dei Cappuccini. La facciata è in stile romanico barocco, l'interno è ad unica navata con cappelle laterali sul lato destro che contengono delle statue di santi. L'altare è in marmi policromi.
Annessi alla chiesa sono il convento ed il giardino dei Cappuccini. Il giardino è uno dei pochi polmoni verdi nell'interno del città di Monterotondo se si escludono il giardino antistante il palazzo comunale ed il giardino della passeggiata dedicato ai caduti garibaldini ed ai militari morti nella tragica battaglia di Monterotondo del 9 e 10 settembre 1943, e la più grande, nelle campagne intorno a Monterotondo, Macchia del Barco e la Macchia della Gattaceca.
I frati Cappuccini erano stati approvati dal Papa Clemente VII Medici a Viterbo nel 1528. Appaiono nei documenti di Monterotondo una trentina di anni dopo, il 27 novembre 1542, quando un certo Evangelista, vende agli Orsini una vigna in contrada san Salvatore per uso dei cappuccini. II convento primitivo fu una piccola abitazione, costruita quasi di fronte al vecchio ospedale, nei pressi del Casale San Matteo. Nel 1605 fu approvata la costruzione del nuovo convento in contrada San Restituto; nel 1609 la Comunità di Monterotondo comprò il terreno e iniziò la costruzione, affidata al Maestro milanese Antonio Del Grande. Il Comune e la gente di Monterotondo hanno sempre seguito con molta partecipazione le vicende di questo luogo: ne hanno completato la costruzione, curato i restauri, favorito la permanenza dei cappuccini nel convento, anche durante la soppressione degli Ordini religiosi voluta prima da Napoleone e poi dallo Stato italiano. Qui visse ed operò miracoli san Crispino da Viterbo dal 1703 al 1709. Esiste ancora il pozzo di acqua sorgiva che serviva al santo fraticello per innaffiare l'orto, situato a nord del convento. Garibaldi fece del convento il suo punto di riferimento sia nel 1849 sia nel 1867: a quest'ultima data risale la scheggiatura del portale della chiesa, provocata da una cannonata sparata dal palazzo Piombino dai papalini contro i garibaldini accampati in convento.
Nell'antico refettorio si conserva la lapide che vi fu posta in occasione del passaggio di Pio IX il 6 ottobre 1853: si fermò a pranzo con i cappuccini, i quali in quella circostanza piantarono il grande pino che recentemente è stato abbattuto da un fulmine e sostituito con uno nuovo. Qui i cappuccini del Lazio, nel 1884, aprirono il primo Seminario Serafico, che vi fu riportato nel 1946; nel 1934 vi fu istituito il corso di filosofia e nel 1938 quello di teologia. Il 4 settembre 1940, il capo del governo Benito Mussolini venne ad ispezionare lo stato maggiore e i soldati accampati nel bosco. Nel 1944 arrivano le truppe tedesche in ritirata e poi molti rifugiati politici dell'una parte e dell'altra, mescolati mimeticamente ai cappuccini. In questo momento difficile per tutti, i cappuccini s'industriano per salvare vite umane, per provvedere cibo e vestiario, s'improvvisano falegnami per costruire bare e seppellire i morti che raccolgono tra le macerie di Monterotondo e della vicina Mentana. Uno di loro, fr. Bernardino da Castel di Tora, fu ucciso dai paracadutisti tedeschi mentre coltivava l'orto del convento, che venne saccheggiato e devastato. Nel periodo della ricostruzione, i Cappuccini procurarono e distribuirono tutto quello che potevano. Impiantarono cantieri di lavoro, colonie elioterapiche, pranzi per i poveri, centri ricreativi. Attualmente riprendono cura, come sempre, dell'assistenza spirituale dei malati e dei sofferenti sia nell'ospedale cittadino che nelle famiglie, è fiorente l'Ordine francescano secolare e la Gioventù francescana. Con varie iniziative e collaborando attivamente con i parroci, favoriscono con umiltà e semplicità la crescita umana e spirituale della popolazione.
La piccola chiesa è frequentatissima. Vi si conservano tele del secolo XVII (pala dell'altare maggiore e del coro) e del secolo XVI (Santa Lucia e Sant'Agata nel coro). Il paliotto dell'altare in mosaico con retro in graffito e nella cappella centrale a sinistra il logo del IV centenario raffigurante San Francesco. Alle spalle della chiesa nel giardino vicino al pergolato, scultura di San Francesco in marmo statuario, realizzata dallo scultore Frate cappuccino Remo Rapone. Suggestivo il piccolo chiostro con al centro la cisterna, che con l'acqua piovana, raccolta dai tetti e sapientemente filtrata, ha dissetato - oltre che i frati - il Paese in tempi difficili. Tradizionale la passione della vigna tramandata nei secoli da generazioni di frati viticoltori, oggi curata nei minimi particolari dal Padre Guardiano Enrico D'Artibale da Monterotondo, trova nel nettare sia bianco che rosso, la massima espressione grazie alle tecniche di lavorazione gelosamente custodite e tramandate dai frati. Il bosco è stato conservato con cura attraverso i secoli, con l'amore per la natura, caratteristico dei francescani, perché riconcilia con Dio e con gli uomini. Anche la popolazione, da sempre, è stata gelosa custode di questa rara oasi di verde, di serenità e di pace.